Nach dem Verkauf seines Busunternehmens WERNER GmbH & Co. KG an die Abellio Bus GmbH Ende 2006 übernahm Thomas Werner die Geschäftsführung im Unternehmen. Die erfolgreiche Teilnahme an Ausschreibungen in dieser Zeit verdreifachte das Unternehmensvolumen und brachte WERNER an die Spitze der privaten Omnibusbetriebe im Kreis Bergstraße.
Eine enorme Leistung, verbunden mit erheblichem Leistungszuwachs, der eine neue Struktur des Unternehmens erforderte und eine Erweiterung der Geschäftsführung sowie eine Aufteilung der Aufgabenbereiche Linienverkehr und Reiseverkehr nach sich zog. Thomas Werner, nicht nur Profi in der Abwicklung von Linienverkehrsleistungen, sondern auch versierter und langjähriger Fachmann im Reiseverkehr, entschied sich für das Reisegeschäft und übernahm Januar 2008 die alleinige Verantwortung des Unternehmensbereiches „WERNER Reisen“.
Diesem thematischen Schwerpunkt möchte Werner auch weiterhin treu bleiben. Die starke Entwicklung des Bereiches Linienverkehr im Unternehmen hat Werner zu der Entscheidung geführt, das Busunternehmen zu verlassen und sein eigenes, bestehendes Reisebüro Werner verstärkt zu betreiben. „Das Reisegeschäft ist mein Favorit und muss mit der gleichen Intensität gemanagt werden wie der Linienverkehr“, so Thomas Werner. „Rückblickend sehe ich die Zeit als Geschäftsführer bei WERNER Reisen als Übergangsphase, um zum einen das Unternehmen WERNER endgültig in andere Hände zu geben, und mich zum anderen nun meinem eigentlichen Themenschwerpunkt, dem eigenen Reisebüro, zuwenden zu können.“
Die Abellio-Geschäftsführung bedankte sich bei Thomas Werner mit Bedauern. „ Mit seinem umfangreichen Fachwissen und der fundierten regionalen Kenntnis war Thomas Werner der Mann der ersten Stunde im neuen Abellio-Unternehmen WERNER. Wir sind aber auch sicher, dass Herr Werner die für ihn richtige Entscheidung getroffen hat“, so Wolfgang Meyer, Vorsitzender der Abellio-Geschäftsführung.